新算法可以在早期检测废水中的新冠肺炎突变体

根据最近发表在杂志《自然》上的论文，加州大学圣地亚哥分校和斯克里普斯研究所共同开发了一种叫做弗雷亚的算法，用于早期检测废水中的新冠肺炎菌株。只有两茶匙未经处理的废水可以用来准确检测新冠肺炎菌株。

斯克里普斯研究所的研究人员开发了一个“条形码”库，可以根据每个突变体独特的短RNA片段来识别新冠肺炎突变体，并编写了一种新的算法，通过筛选废水中的大量遗传信息来匹配这些条形码。由此产生的免费程序弗雷亚已被美国公共卫生机构广泛用于废水监测。

研究人员表示，在实验室对废水样本进行测序后，弗雷亚只需要20秒钟就可以得到结果。当研究人员将弗雷亚应用于废水样本并将结果与圣地亚哥的临床数据进行比较时，他们发现该工具在临床报告发布前14天检测到废水中的“有趣变体”，包括alpha，delta和Omicron变体。

2021年7月27日，研究人员在加州大学圣地亚哥分校的废水中检测到了Samuel 9(B.1.621)，这是在校园首次临床试验前4周检测到的。同年11月27日，该团队也在圣迭戈首例临床报告前11天，在废水中检测到Omicron突变体。